W strukturze aparatu skarbowego mieści się kontrola skarbowa. Aparat kontroli skarbowej, podobnie jak aparat poboru podatków, dzielimy na kilka związanych ze sobą organów administracyjnych. Urzędy kontroli skarbowej wykonują właściwe czynności kontrolne. Mieszczą się na obszarze każdego województwa w Polsce. Zarządzają nimi dyrektorzy poszczególnych urzędów kontroli skarbowej. Ich zadaniem jest organizować funkcjonowania urzędu, ustalać rozkład planowy kontroli i upoważniać inspektorów do przeprowadzenia kontroli. Nie mogą jednak ingerować w toku kontroli. Dyrektor urzędu jest powoływany, poprzez Generalnego Inspektora Kontroli Skarbowej, przez Ministra Finansów. Może on być tym samym inspektorem kontroli skarbowej. Inspektorzy skarbowi są samodzielnymi i niezależnymi organami kontroli skarbowej. Do ich standardowych zadań należy rozpoczynanie kontroli na bazie upoważnienia wydanego przez dyrektora urzędu kontroli skarbowej oraz pisemnego powiadomienia. Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej jest instytucją wyższego stopnia w stosunku do do inspektorów. Jego obowiązkiem jest wyznaczanie zadania kontroli skarbowej i porządkowanie systemu informacji. Siedziba jego urzędowania zlokalizowana jest w Ministerstwie Finansów. Pod jego jurysdykcję podlegają inne mniejsze organy kontrolne.