Zgodnie z art. 86 ust. 10 i 11 powyższej ustawy prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę lub za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych. Okresem rozliczeniowym może być natomiast miesiąc bądź kwartał w zależności od formy rozliczeń wybranej przez podatnika. Jeśli dany podatnik rozlicza podatek VAT w okresach miesięcznych, ma prawo do obniżenia kwoty podatku należnego w miesiącu otrzymania faktury, bądź w którymś z dwóch kolejnych miesięcy. Oznacza to, że od otrzymanej faktury np. we wrześniu, podatnik ma prawo odliczyć podatek naliczony w miesiącu wrześnią bądź październiku lub listopadzie. W przypadku gdy podatnik rozlicza się kwartalnie na odliczenie VAT np. w przypadku faktury otrzymanej w styczniu ma czas do września - w pierwszym kwartale, bądź w dwóch kolejnych.
Od określonej w przepisach ustawy zasady odliczania VAT naliczonego są jednak pewne odstępstwa. Nieco inaczej bowiem wygląda kwestia odliczania VAT od faktur za media. Gdyż w przypadku tego typu kosztów prawo do odliczenia podatku naliczonego powstaje w rozliczeniu za okres na który przypada termin płatności, bądź w dwóch kolejnych okresach. Oznacza to, że nie ma znaczenia termin otrzymania faktury, a właśnie określony na niej termin płatności. przykładowo jeśli podatnik otrzyma fakturę za energię elektryczną dnia 15 stycznia z terminem płatności do 2 lutego, będzie mu przysługiwało prawo do odliczenia w rozliczeniu za miesiąc luty bądź dwa kolejne miesiące (do kwietnia), w przypadku rozliczeń kwartalnych - w rozliczeniu za I, II bądź III kwartał (do września).
Inaczej wygląda również kwestia odliczania VAT w przypadku faktur otrzymanych od małego podatnika, który rozlicza się metodą kasową. Podatek naliczony z tego typu dokumentów można odliczyć dopiero w momencie uregulowania należności, a gdy należność została uregulowana częściowo, to prawo do odliczenia przysługuje w części proporcjonalnej do uiszczonej wartości.
