Podatnicy rozliczający się na podstawie KPiR zgodnie z przepisami są zobowiązanie do jej przechowywania wraz z innymi dokumentami księgowymi. Księga musi znajdować się na stałe w miejscu wykonywania działalności lub miejscu wskazanym przez podatnika jako jego siedziba. Odstępstwem od tej reguły jest sytuacja, w której podatnik powierzył prowadzenie ksiąg biuru rachunkowemu. W tym wypadku musi on w terminie 7 dni od zawarcie umowy zawiadomić o tym US i jednocześnie wskazać miejsce (nazwę i adres biura) w którym księga i dokumenty będą przechowywane.
Powyższe zapisy mają odniesienie do okresu w którym działalność gospodarcza jest prowadzona. W przypadku likwidacji działalności prawo również określa czy i w jaki sposób KPiR ma być przechowywania. Art. 86 § 1 ordynacji podatkowa, wskazuje, iż przedsiębiorcy mają obowiązek przechowania podatkowej księgi przychodów i rozchodów, a także związanych z jej prowadzeniem dokumentów do chwili upływu okresu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Okres ten zgodnie z art. 70 § 1. ordynacji wynosi 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Z upływem tego okresu zobowiązania podatkowe ulegają przedawnieniu, a tym samym nie po tym okresie nie ma już obowiązku przechowywania księgi, ani dotyczących jej dokumentów.
